宝可梦朱紫不同版本主要不同的区别有，发售封面不同、建筑颜色不同、NPC不同、限定宝可梦不同、道馆顺序不同。
1、发售封面不一样
这个通过封面就能看得出来，朱和紫的boss是不一样的。朱是红色boss，紫是紫色boss。
2、建筑颜色不一样
房子也是一红一紫的区别
3、NPC不一样
一般来说游戏初始都会遇到一位博士NPC，这次连博士都不一样，这次博士一个女的，一个男的。
4、版本限定精灵不一样
除了封面神兽之外，《宝可梦：朱/紫》应该还是有一些版本限定精灵的，单机不能集齐图鉴，都能通过交换获得并集齐图鉴。
两个版本都拥有限定的宝可梦精灵，比如幼年基拉斯和巨石丁只会出现在宝可梦朱中，而幼年宝贝龙和冰砌鹅则是宝可梦紫的专属宝可梦精灵。当然玩家要是只玩一个版本，想要收集全部宝可梦精灵的话，还是可以通过版本通信交换来实现的。
5、道馆顺序不一样
道馆是该游戏非常重要的场景，在道馆的设定顺序上两个版本也有差异。
