火影忍者手游团队副本佩恩入侵分为营救村民和击杀佩恩，营救村民共有3个副本，不同副本的打法不同，击杀佩恩，在击杀佩恩中地狱道与饿鬼道会作为小BOSS登场，大BOSS则是佩恩天道。
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1、营救村民
营救村民共有3个副本，不同副本的打法不同，但是核心任务都是解救村民。在解救村民1副本中，学员们需要先打破结界，释放被困的村民，让他们帮忙破坏下一个结界。
在解救村民2副本中，学员们可以借助秘卷土流壁，将小怪围起来进行攻击，让村民尽快逃离战场。
2、击杀佩恩
在第二阶段中地狱道与饿鬼道会作为小BOSS登场，大BOSS则是佩恩·天道。这三个BOSS的血量都是12条，且BOSS的血量是团队共通的。
佩恩·天道可以在全图自由移动，天道受到伤害时，不会被技能浮空。前期他会召唤陨石砸向地面，此时学员们需远离地上的红圈预警;中期天道会召唤柱子干扰学员们的攻击;后期天道则会释放大招"神罗天征"。
在第二关卡中，需要率先消灭地狱道与饿鬼道。当地狱道与饿鬼道消失后，挑战天道的队伍才能获得加强防御的秘卷;同时还会减少天道的查克拉值，削弱天道的强度。
当天道释放神罗天征时，学员们可以使用秘卷增强防御，奥义技能拥有无敌效果的忍者也可以开启奥义抵消伤害。
