一座大院，一个风景如画的地方。一个刻苦练功的青年，一个调皮而又可爱的女孩，一个严肃而慈爱的中年人，一只忙碌觅食的鸡，几头悠闲吃草的牛，噢，还有一个日上三竿仍在抱头大睡的年轻人。可不要轻视这个年轻人，他就是我们的主角——沈孤云。
故事就从这如此平凡而又清闲的一天早晨开始。小师妹清兰匆匆忙忙经过正在练功的大师兄身旁，跑进了二师兄沈孤云的房间。沈孤云刚刚醒来，正在琢磨着招式“苍穹十三式”的威力。清兰提起他昨天答应的一齐去后山山洞溜达的承诺，这时可以选择去或不去。但无论选择什么，最后师妹总是还要陪的(对孤云的好感度增加15点)。
尽管孤云午后有与大师兄每月例行的比武，但还是去了。出门前跟师傅静轩打了招呼;和门口的村女秀秀对话(似乎她很喜欢大师兄);村口的冯山鼎跟孤云约定比武后谈论江湖中事;院子里的石头上插着玄铁重剑(要拔出来需要75点“强壮”)。游戏提供了是否关闭遭遇敌人的功能，为了升级，还是打开吧。幸好不是“踩雷”。
后山山洞东边有一扇关闭的石门，师妹要孤云以后来的时候一定带上她。在西北角师妹碰到了一条5级大蛇，可以选择独自作战或跟师妹并肩杀敌。建议一齐攻击，并且人物需要升到7级左右，大蛇生命值大约是200，清兰的治疗术要到3至4级，胜利后师妹对孤云好感度增加。
回到村庄，在与大师兄的比武中，孤云用变招的“苍穹十三式”误伤了他(实际上这时孤云是赢不了的，等级至少在7级，坚持4轮，而且最后要用药品将血补满，因为大师兄最后的“迎风一刀斩”可伤孤云接近200点)，比赛中止。这时静轩的朋友紫鹤(沈百松)——也就是孤云的父亲造访，并带来重要消息。原来江湖上已是一片血雨腥风，多年前隐遁的黑手杀重现江湖，并到处散布《无敌宝鉴》的消息，天下即将大乱，师傅也谈起洛阳发生的少女失踪案。师兄妹都挺身而出，要求来调查这件事。紫鹤提到天下英雄云集杀人庄，要孤云去调查，而师傅也让清云到洛阳找欧阳喜调查女子失踪事件，看来事情还真不简单。临出门师傅给了孤云一本无极乾坤剑谱。
在村口，师兄莫天野因为不满师傅传给孤云别的招式，独自走上了调查的道路，并发誓要成为天下第一刀客……看来师兄弟之间也蕴藏着不平静了。这时候清云要求跟着孤云走，孤云可以选择一起调查或分开行动。如果不明白怎么走的话，可回到村头跟冯天鼎对话。
第一章 杀人庄
如果分开行动，孤云将独自一人来到村庄东北方向的杀人庄，进庄时看门人高老头警告孤云此地险恶。走到旁边的长廊位置时，突然三个昆仑道士冲过来，并误以为孤云是杀害了天刚道长的俞佩玉。一场恶斗之后，白鹤道长出现，解除了误会(此战过后孤云可以得到治疗术，或者先到洛阳城里也能买到)。孤云对此事产生怀疑，于是到左边的小屋里询问高老头，高老头很奇怪地告诉孤云说，只有帮助俞佩玉，才能了解事情真相。出来往右走，看见铁花娘子从纸阁出来，原来她也在找俞佩玉。于是进入纸阁察看。屋中间是个八卦图机关，将卦位重新摆放正确(见“杀人庄秘道拼图”，上下和左边一半的卦位都是正确的，右边的只需按照阴阳互补排好就行了)，机关就打开了。
俞佩玉果然在里面，只是他已身受极乐丸之毒，两人决定联手调查杀人庄内幕。往北边出口走去，被一恶奴挡住，将其解决，可得到青铜剑和《秘掷宝鉴》。出来后，两人发现竟然到了姬夫人的房间。在其香闺床边，俞佩玉发现了一个锦囊，里面掉出的竟是俞佩玉家传玉佩，看来姬夫人跟先天无极派的俞家必然有着微妙的关系。刚出门两人被武功很厉害的怪刀客袭击，正在抵挡之间，银花娘劫走了俞佩玉，而怪刀客则被一神秘无名客击退，孤云决定再去询问高老头。高老头得知俞佩玉落在银花娘子手中，马上就追了过去。而孤云在杀人庄似乎也没有什么可做的了，还是到洛阳城调查女子失踪事件吧(杀人庄的赵大需要孤云的声望到达一定程度才会加入队伍)。
第二章 洛阳城
洛阳城没什么好转的，而且平白出来许多浪人，非常棘手。直接到城北欧阳喜家，没有发现师妹。欧阳大侠告知孤云此事极有可能是快活王手下的色使所为。在城内找一些女子调查，最后进入酒楼时，发现一个青衣老妇人带着两个丑陋的女子离去。随后师妹出现，告诉孤云这个青衣妇人行迹可疑。两人马上跟踪出了东南门，随后发现熊猫儿拦下了老妇人，老妇人逃去，熊猫儿要孤云把这两个貌丑女子送到欧阳喜家(如果一开始选择跟师妹一起行动，到酒楼遇见青衣老妇人后情节合并)。正与欧阳喜谈论此事，熊猫儿、沈浪以及快活王手下的财使金无望三人来到。他们说起在追踪青衣妇人的时候，被一个蒙面黑衣人救走，而且此人武功相当高强。孤云猜测此人就是黑手杀，不过没有什么证据。当务之急还是恢复被左冷司徒易容过的两个绝色女子。沈浪得知孤云在寻找黑手杀，告诉他可以去恶人谷看看，或者找陆小凤帮忙。接着跟欧阳喜对话，此处出现分支情节。孤云可以选择帮助丑女恢复容貌，或离开去调查黑手杀。如果选择离开，跟师妹对话，将再次出现分支，孤云可以选择让师妹单独留下，或者让她跟孤云一起走。
如果是留下来帮忙，接着跟熊猫儿对话，他告诉孤云去找王怜花帮忙，可以帮助丑女恢复容貌。去妓院一层打倒程三后进入后院，见到王怜花，孤云用计激王怜花出手救人。回到欧阳喜家，王怜花也随后赶来，但需要一些物品，要孤云找黑醋一坛、陈年绍酒一坛、精盐一斤以及细麻纱布一匹。在绸缎庄买细麻纱布，到酒楼的老板那里买陈年绍酒，醋就在旁边的箱子里，精盐则在钱庄对面的起居屋里。将东西送到欧阳喜家，王怜花将两姑娘容颜恢复，原来其中一个竟是朱七七。接下来孤云决定继续追查黑手杀，沈浪等人则查找快活王。出门后面临分支情节，孤云可以选择与师妹一同追查，或单独行动。如果单独行动的话，师妹会回家禀告父亲关于洛阳的事情，然后会到长安来找孤云。此处分支与前面在欧阳喜家的分支会在最后重合，如果不参与恢复两姑娘容貌，可以直接跳到这里。
第三章 恶人谷
现在孤云面临着去恶人谷或找陆小凤(大金鹏王府)。去大金鹏王府的话，陆小凤告诉孤云可以到凤凰集查问，而他要留下来调查王府女儿上官金燕失踪的事情。凤凰集在地图西南方，刚进镇，孤云就遭到三个青龙教徒的袭击。打败他们后，在一间屋子里发现了正要决斗的傅红雪与燕南飞，孤云劝二人不要被人利用，随后燕南飞去了孔雀山庄，傅红雪也紧跟而去。另外，凤凰集本是一派繁荣景象，如今却人迹全无，看来此事背后尚有曲折(见隐藏剧情)。回大金鹏王府，陆小凤交给孤云一个寻找失窃古琴的案件。跟三个仆人交谈，可找出小偷。
现在要到恶人谷去了。恶人谷就在“大草原”西边的“昆仑山”中。刚进谷就遇见了小鱼儿，他诱骗孤云说李大嘴就是黑手杀，但是到了那儿，不堪一击的孤云差点成为李大嘴的盘中餐，幸好被万春流救了下来。言谈中发现，原来万春流竟然是孤云的大师伯，并了解到另一个神秘组织虎魄堂。出门后到杜杀的房间，偷听到杜杀与虎魄堂人的对话，随后被杜杀发现……等到再次醒来，又躺在万春流的房间里，原来这一次还是小鱼儿救了孤云。出门后决定回洛阳城欧阳喜家，了解其他人调查的情况。走之前再次去杜杀那儿，他会给孤云一块黑铁石(谷中萧剑秋打败后可加入，其他的象哈哈儿、阴九幽等千万不要单挑，他们的等级都在25级左右)。出恶人谷，到大草原，在一个帐篷里找到桃花，得知小鱼儿寻宝去了(桃花的帐篷里有bug，游戏很容易死在那儿，不过此情节不发生也不影响剧情发展)。
洛阳城支线任务：跟圆彻大师对话，他要孤云帮忙找到圆通，寻回《护体神功卷帛》。圆通就在昆仑山入口吊桥过去的山上，沿石阶而行，最后可发现圆通。不过此人武功了得，没有取胜把握还是等以后完成的好，打败他可得到《护体神功卷帛》和两个火石(可用于升级玄铁重剑)。回去复命，孤云得到8级的流星剑，不过此任务要先见到圆通后才会出现。
隐藏情节一：完成了恶人谷和凤凰集的任务，再到凤凰集陈家老店遇见傅红雪的地方，发现鬼外婆，她告诉孤云凤凰集所有人都死在了无敌锁喉功下。此事件将在李镇渡郊外茅屋地下石室中救完俞佩玉的剧情完成后关闭。
第四章 快活王
回到洛阳城，欧阳喜告诉孤云、沈浪等人已经查到快活王的位置就在快活林，孤云决定火速赶去支援。如果去大草原，易冰梅可加入，另外会遇到桃花，得知小鱼儿去寻宝了。当然也可以不去。快活林地方不是很大，在入口处孤云遭到了几个疾风骑士的拦阻，打败他们，进入快活林。先进后山的山洞，在这里打败幽灵宫主。穿过洞窟，进入快活林一间充满女子幽香的客房。出来的时候恰好听到快活王和沈浪的对话，沈浪似乎想投靠快活王，此事实在令人怀疑。为免撞见快活王，从原路返回秘道。出来时在凉亭旁发现沈浪与白飞飞，起初沈浪怀疑白飞飞就是幽灵宫主，但据白飞飞所说，她也是潜伏在快活王身旁的人。与沈浪相会，告知他熊猫儿等人也来到此地，沈浪则告知孤云小心快活王手下的疾风36骑。
来到破庙，触碰中间雕像，发觉雕像与白飞飞相似，由此孤云推断白飞飞一定与快活王早有勾结。如今她发现沈浪是假装投敌，那么沈浪岂不危险?于是再从洞窟潜入快活王的房间，可是晚了，快活王已抓了沈浪等人去大漠古楼兰，只留下三个疾风骑士守卫，打败他们去大沙漠。
进入沙漠洞窟，在东北角发现敌人守卫森严，不宜硬闯。这时无意中听到守卫谈论起一个快要到访的西藏使者，于是孤云决定杀死使者，然后混进去。回到洞窟入口，正好碰到使者摩智上人，杀死他，伪装后进入到快活王举行婚礼的大厅。进入左边第一间屋子，发现一个很像白飞飞的女子，原来是王夫人。接下来的情节就很象是《武林外史》，王夫人与卜公直以及一个神秘教会的阴谋因为孤云从中“作梗”而未遂。就在王夫人与快活王相斗之时，众人退出洞来，恰好撞见卜公直，打败他可得到夜魔刀和精铁。
往东北角走，在废弃的酒馆里找到沈浪等人，众人安心休憩一晚。第二日，金无望来告知大家，王夫人与快活王死在了一起，二十年前的夫妻恩怨聚合，看来不是冤家不聚头，到了也没互相摆脱。到这里，沈浪与朱七七决定退隐江湖。
第五章 孔雀翎
下一步该做什么呢?孤云想起傅红雪与燕南飞去了孔雀山庄，决定过去看看是否有黑手杀的消息。在门口遇到青龙教虎魄堂堂主，正不支时无名客再次赶到，虎魄堂堂主逃走。走到孔雀山庄北面，发现无人看守，众人预感不妙。果然，进入后发现孔雀山庄庄主秋水清重伤，傅红雪等人在旁边。最后庄主说出了最大的秘密：孔雀翎其实早已丢失!傅红雪等人前往赤水小镇保护秋水清的遗腹子，而孤云将继续调查青龙教。
出洞口，孤云竟然遇到阔别已久的师兄莫天野，言谈中师兄那种为了在江湖扬名而追查黑手杀的心理引起了孤云的不安，更离奇的是，师兄竟然把两次救了他的无名客认作了黑手杀。来到赤水小镇，正好撞见旧伤复发的无名客，原来他就是宋轻舟。当孤云提出帮助他一起调查青龙教时，他让孤云前往峨眉山，调查宝藏的事情，自己在给了孤云一本《金刚经》后赶回去疗伤。到镇子的卓镖师家找卓玉贞，得知她以及她的丫鬟都被人带走了。在小镇内调查，在东南角民居内(秋水清与此女幽会之处)发现了卓镖师家丫鬟的尸体，另外还留下了“紫阳观”三字，看来卓玉贞一定出事了。赶往西北方的紫阳观，正看见自称血洗了孔雀山庄的公孙屠与紫阳观主等人以卓玉贞要挟傅红雪。孤云挺身而出，打败观主。公孙屠这个坏蛋死有余辜，虽然孤云可以选择杀(得到神力果)或不杀(能够多得到一些情报)。
现在应当到峨眉山调查宝藏一事，之前在大草原就得知小鱼儿也为此事前往峨眉山，此去要先找到小鱼儿，看看这次是否又是青龙教捣的鬼。在入口神赐道长告诉孤云小鱼儿就在山中，从他身前的那条路走，很快就看到铁心兰与花无缺，他们告知孤云小鱼儿已经掉下悬崖死了，但孤云认为小鱼儿一定死不了。走到悬崖边，发现一根青藤，爬下去，没有发现任何尸体，另外还有一个峨眉断崖山洞，但什么都没有找到。回到神赐道长那里，从他身后的路走到一个破庙。在这里碰见轩辕三光，跟他打赌比武，胜利后得知小鱼儿去了汉口。
第六章 杀人庄之谜
在汉口城江家大院中，孤云遭到江玉郎的偷袭。打败他后江别鹤出现，父子两个一副假惺惺的仁义面孔。他们告知孤云小鱼儿已经离开。在城内转悠，最后在城门口遇见了父亲紫鹤。父亲提起小鱼儿被移花宫的花无缺追杀的事情，认为移花宫也卷了进来，并且赞同大师兄的意见，认为宋轻舟就是黑手杀。同时告知孤云再次去杀人庄一趟，而且长安的兴云庄内现在也在传说有宝藏了!
到杀人庄西边的亭子附近，发现劫走俞佩玉的银花娘，不过银花娘说她是为了帮助俞佩玉戒除极乐丸之毒，并称俞佩玉现在正在李渡镇调查一件重要事情，需要人帮忙，但是高老前辈却不在。去李渡镇跟俞佩玉对话，他请孤云到群雄聚集的客栈打听消息，于是得知这次武林盟主俞独鹤是要对付销魂宫主的女儿朱泪儿。出门到北边的凤三小楼将此事告知俞佩玉，朱泪儿以及她的三叔凤三也在此。此时俞独鹤派人来约凤三到郊外决斗，孤云和俞佩玉决定代凤三前去一探虚实。从东北方到郊外，见到俞独鹤，告诉他凤三在小楼等候，俞独鹤听后匆匆离开，而他的两个手下则拦住了两人。激战之后，孤云怀疑凤三会出事，于是赶紧往回走。但为时已晚，李渡镇已成废墟，朱泪儿因为藏在灶里躲过了俞独鹤的搜捕，而凤三则被人救走。不过朱泪儿也说俞独鹤似乎并不是为了抓人，而是在找某样东西。在废墟旁，众人发现一个箱子，箱子里放着似乎并不起眼的一个竹简和一本账簿。众人约定分头行动，最后在李渡镇郊外会合。
现在孤云将再次前往杀人庄进行彻底的调查。在庄内闲逛的时候遇见宋轻舟，他向孤云问起了大师兄的事情，言辞中似乎大师兄跟他死去的儿子有什么关联。再次进入纸阁秘道，在西北角偷听姬苦情与姬葬花的对话，了解到杀人庄背后的阴谋。正当孤云要出手对付这两人时，高老头赶来劝阻他不要轻举妄动，原来在此事背后还牵涉到中原大漠一股烟。
隐藏情节二：在杀人庄见到宋轻舟后，可以在长安城武器店下面的民居里见到老实和尚，他告诉孤云少林寺的藏经阁日前被人抄了，守护奇壁大师双目失明，其他人都死在了无敌锁喉功下，看来这是第二次听到这种歹毒的武功了。此事件将在邀月宫主阁楼中发现移花宫秘密的剧情完成后关闭。
想起俞佩玉所说的在李渡镇郊外会合，孤云等回到李渡镇郊外，碰上海东清，海东清误以为孤云是灵鬼，双方开打，坚持3个回合就算孤云胜利了。据海东清所说，有一男一女两人进了这屋，然后就不见了。孤云猜测就是俞佩玉与朱泪儿。在厨房炉灶处发现密道，下到石室，打败一个灵鬼，正好见到姬苦情要对俞佩玉和朱泪儿下手。正在这时，墨玉夫人姬悲情出现，杀死了她的哥哥姬苦情，并告诉众人姬苦情只不过是傀儡，真正的幕后主使是东郭先生，而要打败他，唯有利用先前所得的竹简。作为信物，东郭先生必须要答应持有人一件事情。姬悲情要孤云从东郭先生那里学到可克制先天罡气的无相神功，然后借机杀死他，说完就走了。但孤云对此表示怀疑，尤其是墨玉夫人是如何得知他们手中有竹简的。于是决定回家询问父亲和师父，而俞佩玉前往华山见东郭先生。
回到家里，师父不知为何不在，只有父亲在那儿等候。他让孤云前往华山，而他在这里等师父商量事情。到华山茅屋，发现俞、朱二人以及凤三在此。俞佩玉告诉孤云他们受了墨玉夫人的骗，而凤三则讲出了假俞放鹤就是当年关外大盗大漠一股烟，也就是现在的俞独鹤。他们火烧李渡镇，是为了毁灭记载有他们罪状的账簿，并企图让孤云杀死跟他们作对的东郭兄弟。可惜阴谋已经败露，东郭兄弟决定在华山召开大会，公布账簿，让天下人都知道他们的丑恶(高老头就是东郭先生的兄弟)。最终俞佩玉杀死假死的姬苦情，孤云杀死姬悲情。父亲与师父将前往仙湖庄拜访长春真人，而孤云将继续到兴云庄调查所谓宝藏的事情。
第七章 小李飞刀
现在可以到长安城的兴云庄，金钱帮的人正在为宝藏的事情威胁林诗音，孤云路见不平，拔刀相助。郭嵩阳出现，正要与孤云开打时，李寻欢赶来赶跑众人，随即又离开到孙驼子酒店。到酒店见李寻欢，得知金钱帮的野心。孙小红进来告知天机老人在城郊后山等李寻欢。出城，从郊外走，到长亭。天机老人、孙小红、李寻欢三人正在商谈金钱帮与青龙教可能联手的事情，为了有足够力量对付上官金虹，李寻欢想要把因为迷恋林仙儿而丧失斗志的阿飞唤醒。于是孤云与李寻欢一同前往阿飞的小居(也在长安城郊外)。但是赶到那儿，阿飞已经被林仙儿带走了，玲玲交给李寻欢一封上官金虹的战书，相约会战于旁边的飞泉之下。李寻欢猜测是林仙儿挑拨他与上官金虹决斗，但决定借此了解上官金虹的底细，并将林诗音托付给孤云(这一段情节可以在“再次进入纸阁秘道”之前进行。另外城内可加入的人物有简怀萱、凌秋雨、石摩崖，简怀萱是在孤云出城时认识的，随时可以让她加入，而另外两个人需要单挑胜利后才会加入)。
到兴云庄孤楼见过林诗音一面，诗音请孤云转告李寻欢，她的丈夫，也就是李寻欢的结拜兄弟龙啸云意图谋害他，要他小心。出城，再进城，在孙驼子酒店外遇到胡不归，得知郭嵩阳替李寻欢出战死于荆无命之手，而龙啸云将李寻欢出卖给了上官金虹，现在李寻欢正被囚于官员府中。赶到官员府，发现李寻欢刚刚将荆无命打败，而阿飞由于受到打击，已经离开。同时大师兄也出现在这儿，原来今天是师兄弟惯常的比武日子，所以师兄专门找到孤云。支持3个回合即可，似乎师兄为取胜而沾沾自喜。
隐藏情节三：在官员府大院的剧情完成后，司空摘星会出现在汉口城迎宾楼中，他告诉孤云前不久在此酒楼中死了两个专门收集秘籍的江湖奇人，而且据司空摘星描述的死状，很象是无敌锁喉功所为(第三次听到)。此事件将在如云客栈龙啸天与上官金虹结拜的剧情完成后关闭。
在先前见到胡不归的地方再次跟他见面，被告知吕凤先去了阿飞的地方(李寻欢嘱咐他去杀了林仙儿)。赶往阿飞住处，果然吕凤先拜倒在林仙儿石榴裙下，成为帮凶，并杀死了玲玲。打败吕凤先后，李寻欢与阿飞赶来，得知吕凤先被派来杀林仙儿，阿飞失去理智，与李寻欢绝交。在城郊，大师兄过来告诉孤云一个消息，让孤云去汉口城看看。
第八章 绝代双骄
在汉口城右下角民居内发现老实和尚(看来一点也不老实)，从他嘴里得知叶孤城与西门吹雪之战后延到9月15日，而现在在汉口城郊外又有一场决斗，至于双方是谁恐怕只有陆小凤知道。到迎宾楼果然找到了陆小凤，两人交换了近期调查结果，推断黑手杀似乎并不象传言中那么坏，相反，新近崛起的神秘帮派才是最可怕的，同时陆小凤邀请孤云到时前往京城一观叶西之战。
马上赶往汉口近郊(城西南角出去)，找到花无缺与铁心兰，这时小鱼儿走了过来，跟花无缺约定三个月后在武汉决斗，说完就走了，看来花无缺的师父邀月宫主逼迫两人决斗必有不可告人的目的。就在花、铁两人离开后，小鱼儿又折了回来，跟孤云谈起他的计划，并托付他到恶人谷探望万春流与燕南天。孤云答应下来，并决定有机会到移花宫调查一番，以帮助小鱼儿发现事情的真相。
先前往恶人谷，发现哈哈儿、李大嘴之流全都不见了，到杜杀房间，杜杀正在收拾东西，打败他后知道原委。原来前段时间神秘帮会的一个使者闯进恶人谷，强迫所有人加入该会。虽然被赶走，但万春流与燕南天的失踪却让恶人们待不住了，纷纷逃走。
去移花宫，偷看到邀月宫主为了让小鱼儿和花无缺在龟山之巅的决斗正常进行，不惜将妹妹怜星宫主冻死。孤云担心被武艺高强的邀月宫主发现，只好取消了调查计划。
根据“江湖日志”，来到汉口城，在江家大院孤云听到了邀月宫主和江别鹤的对话，得知燕南天复出，而且江别鹤是邀月宫主的走狗，前些日子峨眉山宝藏的事情就是他一手策划的，孤云决定赶往龟山将此事通知小鱼儿和花无缺。
在“衡山山道”上，孤云碰见苏樱与铁心兰，二人对话与《绝代双骄》中类似，不外是“讨论”谁要死的问题。铁心兰已经服下毒药，而孤云需要尽快赶往山顶阻止二人决战。接下来的一幕是古龙迷们所熟悉的——小鱼儿假死骗出邀月宫主说出真相，随后邀月宫主跳崖自杀，事情似乎了结，但是江别鹤与邀月宫主勾结的事情还没有完，似乎跟扶桑倭寇有着千丝万缕的关联。燕南天大侠先行前往汉口找江别鹤(江琴)报仇，小鱼儿随后跟去，花无缺临走前给了孤云秘籍《移花接玉》、《碧血照丹心》，以及魔剑碧血照丹心，而万春流走之前给了孤云《易筋经》和一些丹药秘籍，看来以后行走江湖更加容易了。
赶到江家大院，只看到燕南天，从他嘴里得知江别鹤武功已失，由于小鱼儿求情才没有被杀死，现在已经回乡下去了。另外江别鹤也提到邀月宫主的事情，认为在移花宫里能找到真相。到移花宫邀月阁，果然发现几幅奇怪的刺绣，拼在一起就是中原地图，看来邀月果然是扶桑间谍。此间事了，应该专心对付青龙教的事情了。
第九章 紫禁之巅
想起9月15日的叶西之战，于是孤云动身前往京城。这里的扬威镖局有一批货要送到汉口的群英镖局，如果孤云闲得无事，可以当一回镖师。在京城一个四合院内可以看见一个光头和尚，那就是老实和尚，跟他说话，得知叶西之战的一切情况。然后到万福客栈，跟门口的李燕北闲谈，了解到近期京城的一些变故。进客栈，到天字一号房找到陆小凤，得知作为观战资格的缎带已经发完，要想现场观看他们的决战，只有另想办法。
晚上，孤云起身到皇宫观战，可惜大批锦衣卫拦在紫禁城外面，即使把他们打败也没法进去，只好折回来(京城里可以碰到强买强卖的唐门女弟子唐铃，教训她一顿后，她可以加入孤云的队伍。另外，京城里的乞丐顾天涯也是个有趣的人物，第一次把他打败后，不让其加入，然后再次跟他对话，选择拒绝加入，然后出现新的选择项：把所有的钱、或1000金、或100金给他，各位如果想要大幅提高声誉，不妨把自己所有的钱都给他，提高数值跟钱数有关，不过孤云自己也就一贫如洗了)。在城里闲逛，走到城门附近时，神秘人宋轻舟出现，告诉孤云后宫御书房处防卫比较薄弱，可以潜进去，说完就走了。先不管此人意图是好是歹，还是赶紧过去吧(往西北方向走，会自己找到)。刚进入紫禁城，发现三个青龙教杀手正在密谋，似乎是奉叶孤城之命要合应刺杀皇上，正在这当儿，黑手杀出现，杀死了这三个杀手。黑手杀居然破坏了叶孤城的阴谋?看来对黑手杀真的要重新认识了。进入旁边的皇帝寝宫，发现叶孤城、陆小凤都在这儿，看来叶孤城的阴谋已经无法得逞了。就要伏法的南王叶孤城在西门吹雪的严辞恳请下，终于被皇帝获准在紫禁之巅进行叶西之战。修剑与修人本质同一，看来心有旁骛的叶孤城要注定失败。
经过此次风波，陆小凤决定放松自己一下，出海云游，临走前给了孤云叶孤城的遗物——终极剑谱《白云剑谱》，要他好生修炼，并告知孤云他的大师兄也到了京城，而且武功已可列入一流高手境界，不知道大师兄到此是为了什么?此时是9月16日卯时三刻，孤云将继续调查黑手杀与青龙教的秘密。
第十章 上官金虹
来到长安城，进入最大的如云客栈，想打听一点消息，结果正好撞见上官金虹与龙啸云在此结拜兄弟的庆典(具体情节见古龙的《小李飞刀》，对话基本上就是书上所述，只是龙啸云长得实在有些龟样，从里到外都象是小人般可憎)。就在上官金虹气焰嚣张之际，醉醺醺的阿飞冲了进来，从嘀咕的话语，好象他在找一个穿绿衣的女子(是林仙儿吧)，但遭到了上官金虹的羞辱。随后李寻欢也跟了进来，而阿飞马上又冲了出去，孤云担心阿飞出问题，马上跟了出去，临走前跟李寻欢说待会儿见面。在城里转了一圈没有发现阿飞踪迹，想起阿飞的家就在城郊，于是出了城。在城郊道路上遇到老实和尚，他告诉孤云一个新情况：南王府的人被太平王打着清理王室乱臣贼子的旗号满门剿灭，但问题是太平王不应当知道发生在叶西之战当晚的事情;另外，傅红雪在赤水小镇一带大开杀戒，不过据说被杀的都不是什么好人……孤云认为这些情况都是追查青龙教的线索，于是细心地记了下来。到了阿飞居处，发现天机老人正在运功逼出阿飞体内的酒毒，随后李寻欢也赶来，原来阿飞因为林仙儿的缘故，一直酗酒，无法振作，甚至被上官金虹利用去刺杀龙啸云。就在此时，林仙儿再次来到，三言两语就令阿飞原谅了她，甚至不惜与孤云相战。轻松地接过阿飞的无情一剑(伤害值不到3000，所以孤云的体力一定要比这个高，最后可悟得究极剑法无情剑)，阿飞与林仙儿离开，但李寻欢已看出阿飞已经清醒，只是现在心存幻想。但愿吧!
李寻欢告知孤云，上官金虹已约定他明日在山中林亭一战，为免后顾之忧，同时也为了有时间勘察地形，要孤云再次探望林诗音，保护她的安全。到兴云庄探望林诗音无恙后离开，考虑到决战在第二天，孤云决定到城门口的孙驼子小酒店暂住一宿，并且可监视兴云庄是否有异状发生。一夜无事，早晨，孤云决定赶往林亭告诉李寻欢林诗音很安全。到了那里，只看见满面泪痕的孙小红，原来孙小红因为爱李寻欢，求她爷爷天机老人这个兵器谱上排名第一的高手代替李寻欢出战，却不幸战败身死!李寻欢已经到金钱帮找上官金虹决战，孤云决定马上赶过去，并让孙小红去找阿飞来。
消灭城郊守卫，进入金钱帮，阿飞与孙小红随后赶来，众人在铁门外焦急等候。不知过了多久，就在大家猜测纷纷的时候，李寻欢走了出来，而上官金虹将永远地“痛苦”下去，而且孤云从李寻欢嘴里得知上官金虹曾是太平王手下的一个谋士，后来杀了太平王并席卷大量钱财后逃离。事后，李寻欢和孙小红隐退，孤云与阿飞商谈林仙儿的事情，认为很可能与青龙教有关，清醒过来的阿飞决心追查林仙儿到底(如果孤云的队伍人数不够，阿飞会加入，他的武器相当厉害，似乎是游戏中最好的了，但是无情剑这招在消灭最后的神秘人物时会出现问题)。
隐藏情节四：到如云客栈，见到楚留香，得知无敌锁喉功的来龙去脉，推断出江湖中仍有魔教中人。此情节在金钱帮总舵的剧情完成后出现，在杀死宫九的剧情后关闭。
第十一章 桃花源岛
接下来往赤水小镇找傅红雪。在镇上遇见俞琴，他告诉孤云傅红雪已经去找公子羽，而且进了镇外的柴门小院后就再没有出来。从郊外紫阳观往下走，到达一个庭院，进入右边房间的里间，在厨房灶台旁发现秘道。先一直往右走，进入石室，找到明月心。接着回到起点，尽量往右上方走，到另一石室，见到一个自称是傅红雪与公子羽决斗见证人的神秘老人。然后到西面的石室，正好见到两人开始决斗，但是孤云与傅红雪都发现这个公子羽其实是燕南飞所扮。燕南飞自杀，这时明月心与神秘老人现身，原来这个看似老人的人才是真正的公子羽，虽然只有37岁，但是欲望摧残了他的青春。傅红雪断然拒绝作他替身的要求，与孤云离开此地，而公子羽，当他真正明白了自己后，就跟明月心退隐江湖了。
公子羽毕竟只是个被青龙教利用的人，所以孤云再次失去线索。这时他想起太平王世子很可疑，同时又想到海边寻找出海归来的陆小凤。来到海丰小镇，进左边第一个民居，见到十二连环坞的总瓢把子鹰七，他也正在找陆小凤。得知自紫禁之战后，陆小凤神秘失踪了，同时失踪的还有103个押镖的中原镖局镖师以及太平王世子的巨额镖银。孤云打算到海外找陆小凤，但是现在还不能出海。在镇子的狐狸窝酒馆里，见到主人老狐狸，他告诉孤云他跟陆小凤本来在一起，但风浪把船打沉了，并说陆小凤一定在某个岛上。出酒馆前，孤云担心海上风险，让师妹回家禀告师父和爹爹一声，然后就出海了。
来到桃花源岛，进入山洞，跟路口的小老头说话，然后就在桃花源住了下来。晚上孤云决定出来探查此地。在一个亭子下面发现密道，进去后下到水下秘室，看见到处都是金银珠宝，正怀疑是否就是失窃的那一批镖银，青龙高手出现，刚刚开始动手(一个回合)，小老头便赶来阻止了青龙高手。孤云跟他提起陆小凤，但似乎老人并不知道，至于这个宝库，更令人怀疑，孤云只好借机提出要离岛回陆地。天明，孤云出岛之前，再次来到水下秘室，将大多数宝箱搜刮一空，可惜大多数都是“狗皮膏药”，不过另外也得到一把“流云飞月”的双剑。离开途中又会遇到青龙教高手的阻挡，看来此地并非世外桃源，而是藏金窟。
回到海丰小镇，在狐狸窝酒馆右手第一间屋子里见到老实和尚，得知现在江湖谣传陆小凤偷了镖银，唯一安全的去处就只有万梅山庄。但是到了李渡镇下方的万梅山庄(临海)，只见到站在雪地中的西门吹雪，并了解到陆小凤因为被宫九追杀，又去了京城，临走前西门吹雪传给了孤云绝技“落花吹雪”。
在京城中间一个四合院(怡红院后面)内找到陆小凤，了解到宫九原来就是太平王世子，而叶孤城不过是被利用而已。至于珠宝被劫，不过是他想要逼陆小凤作隐形人，到皇帝身边做侍卫，以便刺杀皇帝。至于陆小凤为何到此，只因宫九约他到此作一了断。宫九偷袭陆小凤得手，孤云只有孤身打败宫九(宫九有2万多生命，用鹤顶红令其深度中毒，可有奇效，胜过任何绝招)。此事完毕后，陆小凤离去，而孤云需要进一步到孤岛上调查青龙教秘密。
打败宫九后，有两种结局：
结局一
如果各位此时已经历过第三、六、七、十章中四个隐藏情节中的三个，那么就会进入游戏的隐藏结局：
在京城郊外(此时如没有带师妹，师妹会过来)，遇见大师兄将宋轻舟杀死，宋轻舟由于以为莫天野是他的儿子，因而没有还手，但临终前的几句话却将孤云震醒，因为宋轻舟所说的左手“之”字形伤疤事实上在他的身上!难道他才是……?莫天野离开，而七天后沈孤云和师妹决定回村庄去见养父问清身世(师妹必须加入队伍)。
在村口遇到师父静轩，静轩将师妹带走，并让沈孤云去见养父紫鹤。在沈家大院中与紫鹤对话，了解到自己身世的一些事，并将《惊龙秘芨》交给义父，随后紫鹤离开。此时大师兄出现要与孤云比武，将其打败后才知道大师兄是内心有愧才故意露出胸膛空门，想要孤云杀死他，然而孤云并不想因此就杀死师兄。
孤云决定去找师妹，在后山山洞里，忽然发现当初无法打开的石门已经打开了，进去后孤云看见师妹被点穴，大师兄喉骨已碎，从师妹嘴里得知竟然是师父静轩所为，难道是无敌锁喉功吗?回到村庄，发现紫鹤也身受重伤，这时紫鹤吐露了真相，原来他也是青龙教徒，而且就是当年从他生父那里劫持走他的那个人!临死前紫鹤托付孤云一定要将更有野心的静轩消灭，并将青龙教的青龙令牌交给了他，希望他以后统领青龙教走上正途。此时有一对话选择，最后会分别出现带师妹继续剧情和师妹独自归隐的剧情。如果师妹离开，孤云会得到青龙令牌，否则会一齐继续前进(其实青龙令牌仍然在身上，只是系统不认定，看来是个bug了)。
到海丰小镇与船夫对话出海(码头边的楚留香可以教孤云“血海飘香”)。到神秘岛，从岛的上方走，在第二个场景最左上角树林边找到秘道，穿过一个复杂的迷宫(走法：进迷宫后往上走，从第二个口往右，最后穿过该场景最右下角到达下一个迷宫。再一直往右，到最右边后再往上，最后可找到进入第三个迷宫场景的入口。在第三个迷宫场景入口，面前有三个岔口，往右走可以拣到7级的碧玉刀，但孤云应当从中间那条走，穿过石壁到另一条通道。接着往左走可以拣到血刀，再往右走……当然就是走出迷宫啦!出了洞口，往右下角走即可)，进入青龙教总舵，在那里遇到两个堂主——紫雷与林仙儿，如果孤云带有青龙令牌(没带师妹)，两人会告诉孤云静轩在内室;如果师妹跟孤云在一起，那么因为没有青龙令牌，就必须打败两个堂主后才会得知静轩在内室，到那里将一切了结，最后之战师妹会离开孤云。笔者个人认为奈何丹是最好的东西，可消除所有不良状态，并补充体力与内力到最大，副作用嘛，只是有一点点……保密……
结局二
如果没有满足经历隐藏情节的要求，那么就会进入如下普通结局：
去北京城郊外(此时如没有带师妹，师妹会过来)，遇见大师兄将宋轻舟杀死，而孤云也知道了自己的身世。原来宋轻舟才是他的生父。孤云决定在京城为生父守孝7天，而师妹清兰先回村庄。
出城的时候养父紫鹤出现，这时清兰和大师兄也先后赶来，孤云这才知道紫鹤原来就是青龙教主，他假派孤云下山调查，其实是想令父子相残。大师兄拼死挡住紫鹤，沈孤云与师妹才得以逃离。仓皇间，两人决定去华山找东郭先生。在华山山道上见到东郭先生，并学到无相神功。到海丰小镇和船夫对话，出海到神秘岛的青龙教总舵(同样要经过那个迷宫)，遇到两个堂主拦截，打败两人后进入内室找到紫鹤。
最后的结局将跟据主角所带女队员对孤云的态度来判断。比如在长安带上简怀萱，并找到她的哥哥简昭舞(赤水小镇)，最后的结局将会有所不同——不过是看谁跟孤云相伴终身罢了。
后记
这个游戏如果不是古龙爱好者，恐怕要想玩下去很难，做游戏的人意图面面俱到，结果不免泥沙俱下，难见精妙之处。诸如各个城镇里面可以加入孤云的人实在太多，而对于整体情节发展基本上没有影响，所以笔者到后来干脆不再描述。至于游戏中最厉害的武功是什么，不好说，不过“碧血照丹心”因为附带不良状态攻击，最后打Boss时很有用，因为他会忙着解除状态而不攻击孤云;而阿飞在最后一战里会什么作用都没有……
