宝可梦朱紫不同版本主要有初始形象不同、游戏场景不同、NPC不同、限定宝可梦不同、BOss不同、道馆顺序不同以外其他都相同。
一、初始形象不一样
宝可梦朱初始角色戴着蓝色帽子，身着橘色的短裤，宝可梦紫则戴着灰帽子，穿着蓝紫色的短裤。
二、游戏场景不一样
两个版本游戏场景的不同主要体现在建筑的颜色上，如同角色短裤一样，建筑的主题基调为一橙一紫。
三、NPC不一样
博士是游戏中非常重要的NPC，两个版本中博士NPC的形象也不尽相同，宝可梦是女博士，宝可梦则是男博士。
四、限定宝可梦
两个版本都拥有限定的宝可梦精灵，比如幼年基拉斯和巨石丁只会出现在宝可梦朱中，而幼年宝贝龙和冰砌鹅则是宝可梦紫的专属宝可梦精灵。当然玩家要是只玩一个版本，想要收集全部宝可梦精灵的话，还是可以通过版本通信交换来实现的。
五、BOSS不一样
从游戏的海报上就能看到宝可梦朱和宝可梦紫的BOSS在颜色、形体都是完全不同的，进而猜测它们的技能也有区别，或许难度也会有一定差距。
六、道馆顺序不一样
道馆是该游戏非常重要的场景，在道馆的设定顺序上两个版本也有差异。
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