莱莎的炼金工房2中将扮演三年后的莱莎，再次与伙伴们一同踏上探寻遗迹的冒险旅途，具体各个章节通关流程如下。
古代菲尔弗萨现身
解决掉怪物后众人发现这里全部都是古代菲尔弗萨怪物要比正常魔物强上许多，跟随任务点前进众人觉察到遗迹中可能有机关，宝箱中可以获得神木枝。
异世界之门再现
传送到悠久祠堂跟随任务点前进众人发现了通往遗迹深处的道路，进入遗迹后安佩尔告诉大家这里应该是为了阻止菲尔弗萨的侵略建造的。
巨龙遗迹的结晶
跟随任务点来到遗迹深处众人见到了能让菲恢复魔力的水晶，在要吸取的时候BOSS出现进入BOSS战。
龙中遗迹
莱莎等人确定了这是这是一座遗迹，跟随任务点调查这座遗迹，风暴之主和游历骑士需要击败区域BOSS，戒指和铠甲在宝箱中获得。
荒野巨龙
跟随任务点前进，众人发现一幅巨龙骨架，众人决定靠近查看，跟随任务点前进众人被一块骨头拦住去路，到达最深处后众人发现这里其实是一座遗迹部落。
前往北方大地
前往咖啡馆泽菲娜告诉了莱莎关于北方大地遗迹的事，再次制作大树树苗，前往通往北方大地的悬崖使用大树树苗。
迷雾遗迹水晶
前往遗迹深处后BOSS迷雾蜥蜴出现，蜥蜴弱雷多使用技能和道具破防即可轻松击破，打败BOSS后菲再次吸收水晶的光芒。
雾气笼罩的遗迹
到达遗迹后前往任务点，到达后众人被垂耳兔拦住去路消灭垂耳兔，完成探究笔记激活指南针，复活的灵兽是小BOSS，巨大花朵用手杖采集即可。
前往悬崖的对面
原来新的遗迹隐藏在地下少女的墓地，前往此处跟随任务点前进，到达后发现悬崖无法通过。
短暂休息
返回王都后博斯前来拜访并将下一处遗迹的线索告诉了莱莎，一段时间过后沃尔卡先生送来了新的委托，需要制作3个60品质以上的爆破用炎烧，制作并交付。
沉睡的巨像
大门打开后巨像BOSS出现，危机关头兰托将众人救下并加入队伍，返回大门进行BOSS战。
火焰机关
进入遗迹后众人发现道路都被树根挡住，收集记忆微粒解开探索手册中的太阳大门获取阳炎结晶的配方，返回炼金工房制作阳炎结晶，使用阳炎结晶后树根被烧毁，上锁的大门打开。
前往地下遗迹
跟随任务点前进，进入矿坑后莱莎等人到达废弃矿车轨道遗迹，遗迹深处莱莎等人见到一扇上锁的大门，将地图上的五个烛台全部点亮后大门打开。
重逢与通往矿山之路
莱莎等人与兰托重逢并得知矿山的消息，莱莎邀请兰托一同前往却遭到了拒绝。
到达最上层
前往被锁住的房间，通过传送门莱莎等人到达了一个未知的房间并发现一块巨大水晶。
恢复记忆吧
为了帮助星之民恢复记忆需要前往北、西、东三个方向寻找能让他恢复记忆的东西(顺序随意)。
花蕾的真相
跟随任务提示前往被淹没的下层街道寻找记忆微粒，回到炼金工房后学会玛那液体的制作方法，返回满天星斗的上层街道将玛那液体浇到花朵上，前往三个方向找回记忆。
前往湖底遗迹
跟随任务点的指引前往湖底遗迹，进入被淹没的下层街道后向上游，众人触摸光圈后被传送到满天星斗的上层街道，房间内有一朵巨大的花蕾。
新的遗迹
回到王都后前往布告栏接取工作，到工房触发剧情塔奥来拜访说想要去一趟溪谷遗迹，阅读书籍后学会了空气糖的制作方法。
前往遗迹最深处
消灭魔物后莱莎等人发现前往遗迹深处的大门已经打开，前往遗迹深处进入BOSS战，击败BOSS后出现一个宝箱，宝箱打开后出现一叠纸和一个哨子。
不会响的大钟
打开探究手册完成五条线索激活记忆微粒，运气手杖、战地护身符和无倦首饰通过调查宝箱获得。
翠绿绸带
三人一同前往任务点，到达后发现一个宝箱。莱莎正要打开宝箱时巨型双翼飞龙出现了。
前往神秘地下遗迹
离开悠久祠堂返回起源森林，跟随任务图标经过菌伞湿地到达风车溪谷，到达后二人用之前获得的钥匙打开遗迹大门，进入遗迹后指南针和菲产生了变化。
未知的生物菲
莱莎回到炼金房看见宝石发生了反应，原来宝石是一枚蛋并且生出了一个未知生物，莱莎为其起名为"菲"。
闯入古代遗迹
到达遗迹后继续前进，任务点获得记事本和古式神器，前往遗迹深处，到达深处后莱莎的宝石开始发亮。
前往遗迹
跟塔奥和帕蒂顺利会合后跟随地图指引前往海风街道，这次莱莎等人要前往的是王都附近的五个遗迹其中之一，位于街道北侧的森林深处。
这就是炼金术
帕蒂没听说过炼金术还把莱莎当成了可疑人物，前往海风街道采集材料让帕蒂见识一下炼金术。
重逢与邂逅
到达了咖啡厅莱莎觉得博斯和塔奥已经变成了都市人，塔奥告诉莱莎王都附近有许多神话，探寻神话需要莱莎的炼金术，这也是此前塔奥邀请莱莎的原因。
抵达王都
抵达王都后莱莎险些迷路，幸亏遇到了博斯和塔奥，跟随任务点前往北边的农业区跟南边的工匠区，最后三人决定前往常去的店聊一聊。
冒险再起
库肯岛的生活平和又悠闲，一天夜里莫里茨请求莱莎调查"彩虹宝玉"，莱莎带着委托前往塔奥等人所在的王都。
