宝可梦朱和宝可梦紫差别并不大，游戏的玩法和剧情走向都一模一样。区别在于版本的限定宝可梦以及重要NPC博士。
宝可梦朱和紫的限定精灵在所属系别和建模上都有较大的区别，玩家们可以看看自己比较喜欢哪一些宝可梦，由此来决定到底买宝可梦朱还是宝可梦紫。
宝可梦朱中的博士是女博士，而宝可梦紫中的博士是男博士，由于博士是游戏中的重要NPC，玩家们也可以从这个角度出发，考虑选择哪一个版本。
玩家们选择朱或紫其实差别并不大，并且在通关之后可以通过联机来交换宝可梦，不用担心拿不到限定的宝可梦。
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