空洞骑士主流程有三个结局，触发每个结局都需要不同的条件，在寻神者内容包中，额外增加了两个可以达成的结局，共有五种结局，此外还有一个额外结局。
1.结局一：空洞骑士
条件：
杀死全部守梦者
未获得虚空之心
击败空洞骑士(前辈)
被击败后，空洞骑士死亡，同时小骑士将空洞骑士体内封印的感染凝聚入自己的身体，延续封印。随后，小骑士被束缚，被封印在黑卵内，游戏结束。
2.结局二：封印的同胞
条件：
杀死全部守梦者
获得虚空之心
击败空洞骑士(前辈)
在战斗尾声，大黄蜂突然冲入战斗，用针插入空洞骑士的外壳，随后制服住它，给小骑士创造出了机会。
此时，攻击它足够次数，或小骑士没有在一定时间内对它使用梦之钉，它就会挣脱，使大黄蜂倒在地上，失去意识，而战斗继续。这样触发的结局和第一个结局很像，在结局一的基础上，与小骑士一起，大黄蜂也会被封印在黑卵内，而与之前在门上有守梦人的面具类似，门上会出现大黄蜂头部的图案。
3.结局三：不再有梦
条件：
杀死全部守梦者
获得虚空之心
击败辐光
大黄蜂制住空洞骑士时，对空洞骑士使用觉醒的梦之钉，小骑士会被传送入空洞骑士内部，挑战辐光。战斗尾声，空洞骑士的暗影出现协助小骑士，使辐光最终被拖入虚空并消散。
击败辐光后，感染被净化，圣殿中黑卵消失。在房间的坑中，大黄蜂醒来，发现坑的中心小骑士的外壳已然碎裂成两半，暗示小骑士或许是死了，或许已回归虚空。
场景一转，在深渊的同胞们遁入地下。辐光被终结，它们也终于安息。
4.结局四：拥抱虚空
条件：
已获得虚空之心
通过全部万神殿，击败无上辐光
小骑士需要先完成前四个万神殿且获得虚空之心，解锁圣巢万神殿。在打败该万神殿出现的所有Boss之后，小骑士会对战最终Boss，无上辐光。
击败无上辐光后，小骑士的外壳裂开，暗影降入下方激荡的虚空之中。接下来，虚空淹没神居，虚空神实体出现并将辐光拖入虚空中。
之后，虚空从神居的天空中降下。寻神者惊恐地凝望着黑色的物质自云层之上渗下。虚空神迅速向神居中庭俯冲，经过时几根虚空卷须伸出并缠绕住了寻神者。场景一转，仍在垃圾坑中的寻神者的身体不停颤动，渗出黑色的物质，虚空，然后爆发出更多的虚空，黑色的卷须不停抽动着从她的身体中伸出。
场景再次转换，黑卵圣殿之内，大黄蜂正困惑地注视着藤蔓褪去感染。一个拖着锁链的身影跄踉着走出，使大黄蜂立刻摆出战斗准备姿势。这个身影就是被从在体内封印辐光的任务中解放的空洞骑士。
5.结局五：娇嫩的花
条件：
已获得虚空之心
给寻神者送过娇嫩的花
通过全部万神殿，击败无上辐光
与拥抱虚空几乎完全相同。唯一的区别是，寻神者身体上开始爆发虚空时，濒死的她仍紧紧捧着小骑士送给她的花。一滴虚空落在了娇嫩的花上。虚空卷须爆发后，明亮的白光一闪，寻神者和虚空一起消失了，只在原地留下了娇嫩的花，看起来正在消散，其中一片花瓣上染上了黑色。接下来的画面也是相同的。
6.额外结局：时代的终结
条件：
在达成其他任意结局后，以特定顺序在全部区域聆听蘑菇先生的对话，就能完成蘑菇先生的任务。
在主要剧情动画后，会额外播放一个蘑菇先生飞向天空的过场动画。以一个写着未完待续的画面结束。
